R讲话初学03：R包装置的4种方法和常见报错
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什么是R包？
R包装置
从CRAN装置
迷水商城从bioconductor装置
从github装置
腹地装置
其他装置方法
终极大法
R包常见报错
为了便捷世界学习，我还是录制了配套的视频，放在了哔哩哔哩（我的B站账号：阿越等于我），免费不雅看，复制以下网址粘贴到浏览器掀开即可：https://space.bilibili.com/42460432/channel/collectiondetail?sid=3740949
别问我怎么修改R包的默许装置位置，这不是初学者该学的东西，把你的元气心灵用在刀刃上。关联词我在书册临了会先容怎么修改。
R讲话学到后头其实等于学习多样R包和函数的使用。
迷水商城什么是R包？R包是别东说念主整理好的器具包，内置多样函数以及匡助文档等信息，可以用来终了特定的功能。
R包卓著于手机里的APP，不同的APP有不同的功能，不同的R包也有不同的功能，比如：有些R包是特地用来画热图的（pheatmap、complexheatmap等），有些R包是特地用来作念糊口分析（survival、survminer等）的，等。
R讲话在装置时会有好多自带的R包（包括base、datasets、utils、grDevices、graphics、stats、methods），这些R包不需要独特装置，齐是出场自带的，装置好R讲话就能用了。近似于刚买的生手机有好多内置APP，这些内置APP是不必我方独特装置的。
R包装置R包就卓著于手机里的多样APP，自带的APP很昭彰是无法餍足日常使用的，是以咱们需要我方装置其他APP。同理，R自带的R包亦然无法餍足咱们条目的，是以咱们也要我方装置其他R包。
装置R包就近似于给手机装置APP，装置情势有多种。比如：
迷水商城小米手机可以从小米垄断商店装置APP，也可以从酷安装置APP，还可以从Google play装置，还可以从官网下载apk文献到腹地装置，等；苹果手机可以从App Store装置，还可以通过巨魔商店装置，也可以腹地装置。R包装置也有多种方法，不同的R包是存放在不同的垄断商店的。比拟常见的R包装置主淌若4种：
从CRAN装置，从bioconductor装置，从github装置，下载装置包腹地装置。跟着学习的潜入你还会碰见其他装置方法，我列举的这几种是最常见的。
迷水商城R讲话是老外发明的东西，咱们要拜访老外的东西，由于尽人皆知的原因，是很贫寒的。不仅仅R，其他的东西比如Python、Linux等，齐是这么。
是以在装置R包时，咱们一定要先修改镜像（mirror）（或者你可以使用魔法，就像你使用Google play需要魔法相同，如果你在外洋的话当然是不需要这一步的）。镜像可以绵薄相识为中国东说念主为了便捷我方下载装置，把外洋的东西无缺复制了一份放到国内，况兼会跟着外洋的更新而更新。使用镜像的克己的不需要魔法咱们也可以畅通快速地下载装置R包。
一个R包只需要装置一次即可重迭使用，R包也可以更新、卸载、重装，这个酷好和手机APP几乎是一模相同。
以下是4种R包装置方法的审视先容，这部分我在哔哩哔哩也有相应的视频先容，点击即可不雅看：R讲话零基础初学
迷水商城从CRAN装置CRAN是最主要的存储R包的仓库，大无数R包齐是存储在这里的。
空姐自慰 吃瓜社 粉红女郎 第一色站 勾引/理货 91国产会4 迷水商城要从CRAN装置，咱们领先要修改镜像（如果你东说念主在外洋是不需要这一步的）。这个经由在装置好Rstudio之后相等绵薄，轮番点击：Tools-Global Options：
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然后按照下图所示轮番点击，在列出的镜像中任选一个中国的镜像即可（比如我摄取了上海交通大学的镜像），选好之后点击OK即可。这么就修改好镜像了，底下就可以畅快的装置R包了。这种修改镜像只需要1次修改即可，以后从CRAN装置R包齐会默许使用你摄取的这个镜像，不必每次齐改。
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比如咱们当今念念要装置ggplot2这个R包，使用以下代码即可：
迷水商城迷水商城install.packages("ggplot2")装置R包时一定要小心，R包的名字不可拼错，大小写也不可错，况兼必须加引号，双引号或者单引号齐可以，关联词必须是英文气象下的！加载R包不需要引号。
从bioconductor装置医学生/医师学习R讲话有卓著一部分东说念主是念念作念生信分析的，绝大无数作念生信分析的R包齐不在CRAN中，而是存储在bioconductor中，这个网站是特地存储生物信息学分析所用R包的。
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这个仓库亦然老外成立爱戴的，是以要装置这里的R包，当然亦然先要改革镜像的。
从bioconductor的官方镜像列表中可知，现时中国镜像有以下4个，差别是清华大学的镜像、南京大学的镜像、中国科学技艺大学的镜像、西湖大学的镜像，如下所示：
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迷水商城迷水商城每次在装置bioconductor的R包之前，齐要先开动以下代码更换镜像，任选一个开动即可，现时我推选你使用西湖大学的镜像，原因请看bioconductor有新的镜像摄取啦：
# 使用清华大学的镜像options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")# 使用南京大学的镜像options(BioC_mirror="https://mirrors.nju.edu.cn/bioconductor/")# 使用中国科学技艺大学的镜像options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")# 使用西湖大学的镜像options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")
bioconductor的镜像不像CRAN那样只需要改一次，每次在装置bioconductor的包之前，齐需要开动一下修改镜像的代码。关联词跟着学习的潜入，你以后也可以通过修改.Rporfile文献终了1次修改，长久使用！忽视初学者就别搞这些花里胡梢的操作了，照旧每次齐开动一下吧。
开动外以上代码改革好镜像之后，咱们还需要先装置一个bioconductor的R包惩处器，才能装置bioconductor中的R包，使用以下代码装置bioconductor的R包惩处器，也等于BiocManager包：
# R4.3.x对应的bioconductor版块是3.18，R4.4.x对应的版块等于3.19了，小心不要搞错，# 不然会报错哦if (!require("BiocManager"， quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install(version = "3.18")装置好这个包惩处器之后，情药配方就可以装置bioconductor的R包了。以后再装置bioconductor的R包时，也不需要再从头装置这个包惩处器了。
R讲话每年会进行1次版块大更新，时分约莫是每年的4月份，bioconductor每年会进行两次更新，时分约莫是每年的4月份和10月份。bioconductor的版块和R的版块是有对应筹划的，比如R4.2.x对应的bioconductor版块是3.17，R4.3.x对应的bioconductor版块是3.18，R4.4.x对应的是3.19。对于初学者来说，不忽视跨版块使用。
庸俗来说R讲话不需要时常的更新，一般不会影响使用，关联词如果你一定要更新的话，忽视每年的5月份进行更新，刚好是R和bioconductor同期更新的时分，此时的版块刚好匹配，初学者装置R包出错的概率要小一些。
迷水商城比如咱们要装置一个作念相反分析的R包：limma，就可以使用以下代码：
# 每次齐要先改镜像options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")# 改完镜像再装置BiocManager::install("limma")这么limma包就装置好了。以后你要装置bioconductor中的R包，就先改镜像，然后使用BiocManager::install("xxx")即可。
从github装置有一些R包既不在CRAN，也不在bioconductor，而是在github中。要装置github中的R包，忽视借助devtools或者remotes包终了。
迷水商城remotes可以以为是devtools的精简版，其实区别不大，是以我个东说念主比拟推选使用devtools。
领先从CRAN装置devtools包：
# 没改镜像的铭刻先改镜像install.packages("devtools")装置好之后再使用install_github()装置github中的R包，比如，我当今念念要装置easyTCGA这个包，使用以下代码即可：
library(devtools)install_github("ayueme/easyTCGA")其中easyTCGA是R包的名字，前边的ayueme是仓库扫数者的名字。千万不要写错，写错势必报错！
一般你找到这个R包齐会有先容怎么装置，径直复制粘贴即可，github左上角也会着名字的，照抄就行，比如：
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关联词国内拜访github是有贫寒的，如果你的网罗不行，那么这个情势概况率你会失败。有的时候即使你能掀开github的网页，也不见得你用以上方法就能装置告捷。那么这时你可以尝试底下先容的腹地装置。
迷水商城腹地装置腹地装置R包就和腹地装置手机APP莫得任何区别，把装置包下载下来，然后装置就好了。
照旧以上头的easyTCGA为例，如果你要腹地装置，领先你得下载这个R包到你的电脑上，是以你得找到这个R包的下载地址才行！
在github上头的R包的下载地址齐是有规章的，庸俗齐是：https://github.com/xxxx/R包名字
比如：easyTCGA包的下载地址是：https://github.com/ayueme/easyTCGA
掀开网址后，按照步骤轮番点击：Code-Download ZIP，即可把R包下载到腹地了（对你的网罗有条目，因为这个网站亦然老外的！）。
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下载github的R包我下载的R包存放在我的E盘-R-R包，这个文献夹内部，是以存放旅途是：E:/R/R包/easyTCGA-main.zip
此时装置包还是下载好了，咱们可以借助devtools内部的install_local()函数装置腹地R包：
library(devtools)# 小心你的R包存放旅途不要写错！写错必报错！install_local("E:/R/R包/easyTCGA-main.zip")腹地装置需要小心R包依赖的问题。R包依赖的道理是有些R包是成立在其他R包的基础上的，是以你在装置时需要小心先后步骤，必须先装置某个包然后才能装置另一个包，不然就会出现装置失败。比如easyTCGA等于成立在好多R包之上，是以如果你没提前装置easyTCGA的依赖包，那么在进行腹地装置时也会报错。
这是腹地装置最大的瑕疵，install.packages()和BiocManager::install()在装置R包时会自动帮你先装置依赖包，是以不会有问题。
easyTCGA有以下依赖包，需要你先装置好底下的依赖包，才能装置easyTCGA：
# 装置bioconductor上头的依赖R包# 领先要改镜像，底下是清华的镜像，或然会有问题，可改革其他镜像试试options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager")if(!require("TCGAbiolinks")) BiocManager::install("TCGAbiolinks")if(!require("SummarizedExperiment")) BiocManager::install("SummarizedExperiment")if(!require("DESeq2")) BiocManager::install("DESeq2")if(!require("edgeR")) BiocManager::install("edgeR")if(!require("limma")) BiocManager::install("limma")# 装置cran上头的依赖R包if(!require("survival")) install.packages("survival")if(!require("broom")) install.packages("broom")if(!require("devtools")) install.packages("devtools")if(!require("reshape2")) install.packages("reshape2")if(!require("data.table")) install.packages("data.table")if(!require("ggplot2")) install.packages("ggplot2")if(!require("ggpubr")) install.packages("ggpubr")以上装置R包的代码我加了一个if判断语句，道理是：如果我还是装置了这个R包，就不要重迭装置了，如果没装置，就帮我装置。
其他装置方法除了以上先容的装置方法外，还有一些R包的装置方法比拟特殊，这里给世界绵薄先容下，就以mlr3proba为例。这个R包由于一些原因不在CRAN中，如果你要装置Github版块，可以按照以下代码装置：
remotes::install_github("mlr-org/mlr3proba")关联词如果你要使用install.packages()函数装置，需要按照如下情势进行：
迷水商城install.packages("mlr3proba"， repos = "https://mlr-org.r-universe.dev")终极大法径直百度、谷歌、必应。
比如一个叫linkET的包，你不知说念怎么装置，径直搜索啊：
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R包常见报错1. 载入了名字空间'rlang’ 1.0.1，但需要的是>= 1.0.2`rlang`包的版块太低了，你需要先装置1.0.2以上版块的`rlang`，铭刻径直关闭Rstudio，从头掀开再装置2. 不存在叫'latticeExtra’这个名字的程辑包领先望望我方的拼写错了吗？标点绮丽有特地吗？没问题就装置这个`latticeExtra`包即可3. 样子包装置入'C:/Users/xxx/AppData/Local/R/win-library/4.2’(因为'lib’莫得被指定)Warning in install.packages : package 'limma’ is not available for this version of RA version of this package for your version of R might be available elsewhere`limma`包在bioconductor上，不在CRAN上，要通过`BiocManager`装置。4. 装置样子包'mapproj’时退出狀態的值不是0概况率依赖包没装好。5. library(lsmeans) Error: 找不到'lsmeans’所需要的程辑包'emmeans’缺什么就装置什么。找不到`lsmeans`就装置`lsmeans`。6. 用devtools从github装置包，非论是径直装置照旧腹地装置，齐报timeout特地github在外洋，拜访外洋的网站你得科学上网，你网罗行吗？你能拜访谷歌不代表你能从github下载东西。7. 装置r包时出现：update all/some/none?问你要不要：更新扫数R包/部分R包/不更新？输入n就行了，暗示不更新。8. library(tidyverse)出现一大推字── Attaching core tidyverse packages ────── tidyverse 2.0.0 ──✔ dplyr 1.1.2 ✔ readr 2.1.4✔ forcats 1.0.0 ✔ stringr 1.5.0✔ ggplot2 3.4.2 ✔ tibble 3.2.1✔ lubridate 1.9.2 ✔ tidyr 1.3.0✔ purrr 1.0.1 ── Conflicts ──────────────────────── tidyverse_conflicts() ──✖ dplyr::filter() masks stats::filter()✖ dplyr::lag() masks stats::lag()ℹ Use the conflicted package to force all conflicts to become errors浅近的，不必管，唯有莫得`Error`就没事。本站仅提供存储就业，扫数执行均由用户发布，如发现存害或侵权执行，请点击举报。